核算难点
《工作指引》中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际发生的研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目，直接投入的认定和分配缺乏可靠的依据。
此外，很多申报企业特别是中小型企业以前年度并没有独立设置研发费用科目，发生的研发费分别记载于不同的会计科目，如实验车间成本、管理费用、其他业务支出、在建工程、专项应付款等，而不同会计科目之间又不存在对申报明细表而言的勾稽关系。因此，申报企业将非研发材料成本计入研发直接投入中的人为操作空间很大。
应对措施
（1）对于日常生产领用材料和研究开发领用材料的区分，除通过重点检查管理费用、原材料明细账、原材料购入、发出、结存明细表、相关费用分配表等外，审计人员还可以考虑进行如下分析判断：
①总量领用的合理性判断；
②研究开发材料领用的月均波动情况是否合理；
③领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部专家工作。如，聘请行业专家，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价；
④重点对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如，电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
（2）对于直接购入的能源、材料等，需要通过检查购入发票、运输单据、入库单、领料单等确认其真实性，并聘请相关行业专家，确定购入的能源、材料等与研究开发项目的相关性。
（3）对动力费用、共同使用的模具、样品、样机及一般测试手段购置费等，可以采用工作量等合理的方法，分摊计入各研究开发项目成本。
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