高新技术企业认定相关的研发费用，不同于财务会计管理制度和研发费用加计扣除政策下的研发费用。《工作指引》明确规定了符合条件的八类研发费用，即人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调试费用与试验费用、委托外部研究开发费用和其他费用，企业应该严格按照上述各项费用的定义和范围，进行研发费用的归集。同时，在费用归集过程中，应注意以下事项：
首先，研发费用是企业从事研发活动所产生的符合条件的费用，根据《工作指引》对于研发活动的定义，研发活动是指为获得科学与技术（不包括社会科学、艺术或人文学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的活动。这意味着：
企业生产、销售和其他一般性经营活动所发生的费用或支出，以及产品常规升级或直接应用某项科研成果的费用，不应计入研发费用；
对于生产和研发活动共用的人员、设备、软件、在用建筑物等，企业应采用合理的指标将符合条件的研发费用进行区分和单独归集。
因此，在上文的案例中，虽然研发费用中的“其他费用”类包含了“差旅费”，但是甲公司不应将与研发活动无关的差旅费归集为研发费用。另外，对于同时从事研发活动和其他活动的科技人员的人工费用，甲公司应采用合理的指标（如相关人员的工时等）将这部分人员的人工费用进行分摊，并仅将分摊后和研发活动有关的人工费用归集为研发费用。
其次，《工作指引》要求企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新企业认定专用研发费用辅助核算账目，且有配套原始凭证、明细表作为支持文件，并按《工作指引》对符合条件的研发费用进行核算。
再次，企业应当以单个研发活动或者项目为基本单位核算、归集研发费用。对于多个研发项目所共同产生的研发费用，如同时参与数个研发项目的人员人工费用、数个研发项目共用的设备或建筑物的折旧费用等，企业应采取合理的方法，将相关研发费用在不同研发项目之间进行分摊。
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