高新技术企业使用的会计科目与普通企业使用的会计科目基本相同，所不同的是高新技术企业要做好研发费用归集的账务处理。研发费用归集首先要进行研发项目立项，根据研发项目立项RD设置研发费用项目辅助核算科目，以用友软件U8为例设置高新技术企业会计科目具体操作如下：
步骤一：进入用友U8-总账，系统菜单--设置--编码档案--项目目录（设置RD项目核算）。如下图所示：
步骤二：项目档案---项目大类---项目管理---项目分类定义---增加“分类名称”（即项目名称）。如下图所示：
步骤三：项目档案---项目大类----项目管理---维护。如下图所示：
步骤四：项目目录维护---增加（项目名称）---设置完工日期，项目设置己完成。如下图所示：
步骤五：设置会计科目---成本---研发支出--研发费用化支出（设置一级科目）---勾选“项目核算”。如下图所示：
步骤六：设置会计科目---成本---研发支出--研发费用化支出----增加二级科目（如：研发人员费用、直接投入费用、折旧费用、长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调式费用与试验费用、委托外部研究费用、其他费用）--勾选“项目核算”。如下图所示：
步骤七：设置会计科目---成本---研发支出--研发费用化支出----在研发人员工资及五险一金下增加三级科目（如：工资、福利费、养老保险、失业、工伤、生育、医疗、公积金）--勾选“项目核算”。如下图所示：
步骤八：设置会计科目--损益---主营业务收入----高新收入（设置一级科目）。如下图所示：
步骤九：系统菜单--编码档案--项目目录-项目大类--项目管理---核算科目---待选科目---全选到己选科目-确定。高新企业科目设置完成。如下图所示：
注意：根据新的会计准则，高新企业产生的研发费用需要通过成本类科目“研发支出”进行归集，不符合资本化条件时从“研发支出”结转到损益类科目“管理费用---研发费用”下。
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